在中国的刑事诉讼程序中，认罪认罚制度是一项重要的司法改革措施，旨在提高诉讼效率，保障被告人的合法权益。当被告人对起诉书指控的犯罪事实和罪名表示承认，并愿意接受处罚时，这种制度允许他们在二审阶段继续适用。然而，即使在认罪认罚的前提下，被告人仍有权利在特定情况下提起申诉，这是法律赋予他们的救济途径。

我们要明确的是，认罪认罚并不意味着被告人放弃申诉的权利。根据《刑事诉讼法》的规定，被告人对于自己的定罪量刑有异议，或者认为审判过程中存在违反法定程序的情况，均有权提出申诉。例如，如果被告人认为量刑过重，或者其认罪是基于被逼迫、欺诈等非自愿情况，他们有权要求重新审查。

其次，即使在一审或二审中认罪认罚，被告人仍可以在发现新的证据或者事实，足以推翻原判决的情况下，申请再审。这符合我国刑法中的“疑罪从无”原则，即在没有确凿证据证明被告人有罪的情况下，应当认定其无罪。因此，申诉并非与认罪认罚相冲突，而是对法律公正性的维护。

然而，申诉并不意味着可以随意更改已经作出的判决。认罪认罚制度下的申诉通常需要提供充分的理由和证据，法院会根据这些材料进行审查。如果申诉理由不成立，法院可能会维持原判；反之，如果确实存在问题，可能会启动再审程序，对案件进行重新审理。

总的来说，尽管认罪认罚为刑事诉讼带来了效率，但申诉权作为法律赋予的基本权利，不应被忽视。它确保了司法公正，防止冤假错案的发生。在实践中，被告人应正确理解认罪认罚与申诉权的关系，合理运用法律武器，以维护自身的合法权益。同时，司法机关也应严格遵循法律规定，公正公平地对待每一起申诉，确保法律的尊严和权威。